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【专稿】近日，具有万亿次浮点运算能力、基于四核处理器的联想高性能机群——深腾1800成功落户上海交通大学，顺利承载该校在生命科学研究领域的多种核心应用软件。此次中标的深腾1800机群系统，具有高性能、高可靠、可开放、易管理等特点。负责该项目的李亦学教授，对此次项目给予了高度的认可和评价，笔者也有幸采访了这位身兼数职的生物信息学界的著名人物，与各位分享他对四核使用感受和心得。
李亦学，上海生物信息技术研究中心主任；中国科学院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室副主任；上海交大生命科学与技术学院生物信息学系教授、博导；儒雅而爽朗是他留给笔者最初的印象，简短的开场白过后即进入正题，以下是李亦学接受记者专访的内容：
记者：我了解您的需求主要是在高性能运算部分，在这个部分当中有很多的解决方案，包括安腾等很多产品，您当时为什么会选择四核的产品？
李亦学：过去来讲，生物与计算结合最早叫做计算生物学，从要求来讲，能够进行大规模计算即可，对单个CPU结点的内存没有多大的要求，但实际上随着生物学的发展，对计算机的要求变得比较复杂、综合。一个完整的解决方案，要求对大量不同的数据库同时进行快速检索，然后是数据整合，同时还要做很多并发计算，很多计算是非常耗内存的。有时实际上并不一定非得要求计算能力非常非常高，但要可靠；再一个能够同时并发完成许多不同的计算。
现在来讲，并不太要求一定要把这个运算并行化，一个任务分解开来以后，每一块执行一个具体的任务，我们讲的并行运算，现在是几十种不同的任务，每一种是一件事情，这种情况下从要求来讲，需要计算机运算速度要快，同时要求有很大的共享内存。如果没有很大的共享内存，现在我们很多案例没有办法做了，现在四核的发展，其实可以把每个结点共享内存做得比较大，价格相对比较便宜，这种发展非常符合生物学发展对复杂生物系统计算性能的要求，这就是我们为什么买四核的原因。
再有，我比较喜欢胖结点，同时这个结点共享内存比较大，胖结点也能并行运算。因为并行运算是非常专业的事情，需要专业人员对你的软件进行二次开发，如果能做最好，做不到的话我们也要解决。这个时候单结点上多核共享内存比较大，性能就很好。现在有四核就很高兴，有八核就更高兴。现在八核内存是16个GB，现代生物学为了获得高速运算，又是必须把所有的数据放在内存里面进行操作，这样节省时间。有点像拼七巧板，打乱了要拼出来，不可能把这个东西这放一堆，那儿放一堆，必须把这一堆放在一个地方，再拼起来。比如大的基因组测序数据的拼接工作，内存要30个G，胖结点可以做到。
记者：此次装机的深腾1800机群共有多少个节点，具体配置如何？
李亦学：总计12个计算结点+1个胖结点+管理结点+存储结点，共计116个CPU内核，附带完备的基础架构。我们分了两套。筹备我们系，有两部分工作内容，一部分是做药物设计，这一块主要是跟结构相关，结构的模拟、蛋白质和小分子的结构的计算。这边我们需要结点数稍微多一点，对每一个结点内存要求不是很大。
胖结点不要求多，但每一个结点要求胖。我回国后做胖结点这个东西做了七年多，确实对这个领域、在这方面的需求以及到底需要什么样的机群非常了解。深腾1800应该说非常适合我们。
记者：对于四核，很多用户都在考虑两个问题，一个是产品的成熟度，还有一个是软件的兼容性、并行能力，李教授在采用四核服务器时有什么样的考虑，是否这两点也是您当初考虑关键的因素？
李亦学：从我个人的观点来看，像单核到双核，再到四核，在技术和运算的兼容性上，不是很大的问 题，只不过是怎么把它合并起来。在使用和应用上，不应该存在问题。这个我没有太多担心，以前最早我在国外是单核，国外也有双核的机器，我们开发软件测试，双核比单核有提高，我们也没有感到单核开发的东西，在双核上运行有什么问题。我一般没有这样的担心。
记者：联想在支持这个项目的时候，做了哪些工作？
李亦学：联想有一个大的特点：在2004年买过一套产品（联想服务器），我问过一些厂家，都是非常标准的配置，但我不需要这样的标准，我可能需要这两个结点胖，那两个结点瘦一点，联想就可以针对我的需求来设计这样的机群，这就比较好。所以我们就买了联想的东西。刚刚我看了联想的解决方案中心，联想针对用户的具体需求做具体应用研发，选择一个比较高性价比的方案，这一点是比较好的。我们说句实在话，我回国内这几年买的服务器真不少，各知名厂商可以做一些比较，联想的东西确实比较好，可以针对用户来应用。
记者：李教授您说采购过很多机器，你在采购机器的时候是从兼容、平台还是服务器的制造商考虑的？
李亦学：我首先考虑第一应用能上去。第二点考虑就是性价比。
记者：联想在跟您谈服务器的时候，还有别的厂商跟您谈吗？
李亦学： 有，都是顶级的PC制造企业。
记者：后来李教授决定买联想，最关键的原因是什么？
李亦学： 应该说之前就有了良好的合作基础， 2004年买了一套，感觉不错。再一个，四核的东西我比较喜欢，当然性价比也比较不错，联想的售后服务比较好。基于四核服务器的高性能机群计算性能要一倍甚至两倍于我们2004采购的设备，我肯定选这个四核。最关键的是我们招标的时候，产品得到了众多专家的一致认可。
记者：当时你们决定买四核的产品，你觉得采用新的系统，必要性和迫切性在什么地方？
李亦学：其实这个问题是这样，因为现在计算这一块在生物性领域发展到现在，其实碰到主要的问题是，不一定是并行，更多是多线程，在一个结点需要跑几十个甚至上百个不同的任务，有时这些任务最终还要统一起来。比如现在测序，测一个微生物基因组，有一个相应的微生物基因组数据放在这里，为了对这个数据数据进行注释，可能需要十几个其它的不同的数据库，而这些数据有的在本地，大部分在网上，需要不同的程序跑从这儿取数据，从那儿取数据，这些数据有的要拿到本地来。对我来讲，我这边计算能力要足够强，要有足够强大的能力让你跑多线程，同时内存要比较大，要同时拿到这里面做运算。我们现在做的运算，最近有一篇比较好的文章，一个运算跑要三四个组。在128G内存的机器上跑。而且跑的时候不能把机器独占了，别人还要做，这样的情况下你说我需要什么产品？联想告诉有四核，我愿意要这样的产品。
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